เรื่องราวของนวนิยายเรื่อง "อมตะ" คือความต้องการเป็นอมตะของตัวละครชื่อว่า "พรหมินทร์" ด้วยการโคลนนิ่งมนุษย์เทียมขึ้นมาเพื่อใช้สำหรับเปลี่ยนถ่ายอวัยวะ "ชีวัน" ผู้ที่พรหมินทร์ได้เลี้ยงดูมาตั้งแต่เล็กและเรียกพรหมมินทร์ว่า "พ่อ" นั่นเอง แต่ชีวันไม่รู้ตัวมาก่อนเลยว่าตนเองไม่ใช่ลูกของพรหมินทร์ และไม่ใช่มนุษย์แท้ เมื่อเขารู้ความจริงจึงเจ็บปวดรวดร้าวใจยิ่งนัก ถึงกับหนีเตลิดออกจากบ้านไปหาคนรัก เพื่อหลบพัก และไตร่ตรองจนตัดสินใจได้จึงกลับบ้าน

ระหว่างนี้เอง ตัวละครที่ชื่อ "อรชุน" ก็ถูกเปิดตัวออกมาในฐานะนักจิตบำบัดหนุ่มที่มีความสามารถสูง ขณะนั้นอรชุนกำลังติดพันอยู่กับ "รติรัตน์" ลูกสาวของพรหมินทร์ เป็นการแก้แค้น ด้วยเหตุที่ว่า แท้จริงแล้วอรชุนก็เป็นมนุษย์โคลนนิ่งที่ถูกสร้างขึ้นเช่นเดียวกับชีวัน อรชุนได้พบกับ "ศศิประภา" ซึ่งเป็นภรรยาของพรหมินทร์ และพบกับชีวันเพื่อบำบัดจิตให้กับคนทั้งสอง เมื่อทั้งสามคนมาพบกันความจริงเรื่องมนุษย์โคลนนิ่งก็ถูกเปิดเผย

ระหว่างพรหมมินทร์กับอรชุน

ปมขัดแย้งสำคัญของเรื่องก็คือ แท้จริงแล้ว "โคลน" ที่เป็นคนเหล่านี้เป็นมนุษย์หรือไม่ การฆ่า "โคลน" เป็นบาปและผิดศีลธรรมหรือไม่ กรณีที่ตัวเอกของเรื่องเป็น "โคลน" ทั้ง 2 ตัวที่มีผู้สร้างขึ้นมาเพื่อจะใช้ปลูกถ่ายอวัยวะของตนแต่บังเอิญตัวหนึ่งหนีไปได้ และได้กลับมาแก้แค้นและทำลายผู้ที่สร้างเขาขึ้นมา

"พร้อมกับผู้เขียนเองประกาศว่า นวนิยายเรื่องนี้เป็น “ธัมมิกวรรณกรรม” หรือวรรณกรรมที่แสวงหาสัจจะและปัญญาญาณเพื่อนำมนุษย์ไปสู่สันติสุข และเพื่อนำเสนอปรัชญาพุทธศาสนาให้ทุกคนหันมาสนใจ และนำไปหาความรู้ต่อ